Prodigal注释原核基因组

下载地址:https://github.com/hyattpd/prodigal/releases/
下载源码包:Prodigal-2.6.3.tar.gz

 tar -zxvf Prodigal-2.6.3.tar.gz
cd Prodigal-2.6.3
make install
#添加环境变量
prodigal -a UBA705.pep -d UBA705.cds -f gff -g 11  -o UBA705.gff -p single -s UBA705.stat -i UBA705.fasta > prodigal.log

-a 是输出氨基酸文件

-c 不允许基因一边断开,也就是要求完整的orf,有起始和终止结构

-d 输出预测基因的序列文件

-f 选择输出文件格式,有gbk,gff,和sco格式可供选择

-g 指定密码子,原核为第11套

-i 输入文件,即需要预测的基因组序列文件

-m 屏蔽基因组中的N碱基

-o 输出文件,默认为屏幕输出

-p 选择方式,是单菌还是meta样品

-q 不输出错误信息到屏幕

-t 指定训练集

-s 输出所有潜在基因以及分值到一个文件中

python 3.7安装

wget https://www.python.org/ftp/python/3.7.2/Python-3.7.2.tar.xz
tar -xvf Python-3.7.2.tar.xz
cd Python-3.7.2
./configure --enable-optimizations
make altinstall