Category: 未分类
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使用MCScanX和JCVI共线性区块分析
首先从基因组数据库下载目标物种的全基因组文件和gff3文件 对gff3文件预处理得到对应格式的gff和bed文件 MCScanX：perl -e ‘while () { if (m/^(\S+)\t.*\tgene\t(\d+)\t(\d+).*ID=(darer\d+)/) { print “$1\t$4\t$2\t$3\n” } }’ darer.genome.gff3 > darer.gff jcvi：perl -e ‘while () { if (m/^(\S+)\t.*\tgene\t(\d+)\t(\d+)\t(\S+)\t(\S+).*ID=(darer\d+)/) { print “$1\t$2\t$3\t$6\t$4\t$5\n” } }’ darer.genome.gff3 > zebr.bed 对NCBI的GFF3文件再进行提取，若基因含有可变剪接，则仅保留CDS长度最长的转录本并获得蛋白序列，该过程参考网上其他教程 cat darer.gff gc.gff > all.gff cat darer.pep.fasta gc.pep.fasta > all.pep.fasta makeblastdb -in all.pep.fasta -dbtype prot -title all -parse_seqids -out all -logfile all.log…
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Iso-seq3安装与使用（全长转录组分析）
使用conda安装Iso-seq3 conda create -n anaCogent5.2 python=2.7 anaconda source activate anaCogent5.2 conda install -n anaCogent5.2 biopython conda install -n anaCogent5.2 -c http://conda.anaconda.org/cgat bx-python conda install -n anaCogent5.2 -c bioconda isoseq3 conda install -n anaCogent5.2 -c bioconda pbccs conda install -n anaCogent5.2 -c bioconda lima #The packages below are optional: conda install -n anaCogent5.2 -c bioconda pbcoretools…
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Anvi’o 安装
Dependencies DIAMOND or NCBI’s blastp for search. MCL for clustering. muscle for alignment. easy install through conda: wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #在询问是否将conda加入环境变量的时候选择no cd miniconda3/bin/ chmod 777 activate . ./activate #添加频道 conda config –env –add channels conda-forge conda config –env –add channels bioconda conda create -n anvio-6 python=3.6 conda activate anvio-6…