ggplot2:气泡图及散点图小结

气泡图也属于散点图的一种,在散点图的基础上改变点的形状,大小和颜色

1.如何改变点的形状

用自带的mtcars演示

p = ggplot(mtcars,aes(wt,mpg))
p + geom_point(shape=17,size=4)
p + geom_point(aes(shape = factor(cyl)),size=4)

2.改变点的大小:气泡图

加载包、数据的读入及数据格式

library(ggplot2)
pathway = read.table("R0-vs-R3.path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep="\t")

3.初始化数据

pp = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway))
pp + geom_point()

气泡图(三维数据),size 可以是一个值,也可以是数据中的一列

pp + geom_point(aes(size=R0vsR3))

添加颜色变化——四维数据

scale_colour_gradient:自定义一个连续型的配色,常用于热图;

pbubble = pp + geom_point(aes(size=R0vsR3,color=-1*log10(Qvalue)))
pbubble
pbubble + scale_colour_gradient(low="green",high="red")


expression函数改变样式,[]是用来添加下标,^是用来添加上标

pr = pbubble + scale_colour_gradient(low="green",high="red") + labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene number",x="Rich factor",y="Pathway name",title="Top20 of pathway enrichment")
pr
pr + theme_bw()

散点图小结

• 颜色: color/colour (可渐变)
• 形状:shape
• 大小:size (可渐变)
• 透明度:alpha (练习)
• 改变坐标轴的范围: xlim()和ylim()函数
• 改变标题,坐标轴标题和legend标题:labs()函数
• 保存图片:ggsave()函数
支持多种图片格式:png,pdf,svg等

ggsave("pathway_enrichment.png")
ggsave("pathway_enrichment_gray.png",pr)
ggsave("volcano4.pdf",volcano,width=4,height=4)
ggsave("volcano8.pdf",volcano,width=8,height=8)

绘制直线小结

• geom_abline(slope=xx,intercept=xx): 绘
制直线
• geom_hline(yintercept=xx):绘制水平线
• geom_vline(xintercept=xx):绘制垂直线
• size: 线条粗细
• color: 线条颜色
• linetype: 线条类型

详细讲解参考ggplot2说明文档基迪奥在线视频

分类R

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