绘制盒形图

输入表达矩阵数据文件

library(ggplot2)
library(reshape2)
exprSet <- read.table(file = "COS_deseq_counts_normalized.txt", sep = "\t", header = T)
group_list <- factor(c(rep("COS0",3),rep("COS1",3),rep("COS3",3),rep("COS6",3),rep("COS12",3)), levels = c("COS0", "COS1","COS3","COS6","COS12"))
exprSet_L=melt(exprSet)
colnames(exprSet_L)=c('Gene_ID','sample','value')
exprSet_L$group=rep(group_list,each=nrow(exprSet))
#以sample作为x轴，group作为填充颜色
ggplot(exprSet,aes(x=sample,y=value,fill=group)) + geom_boxplot()
#以group作为x轴，sample作为填充颜色
#ggplot(exprSet,aes(x=group,y=value,fill=sample)) + geom_boxplot()
# 修改sample名称
exprSet_L$sample=paste(exprSet_L$group,exprSet_L$sample,sep="-")
ggplot(exprSet_L,aes(x=sample,y=value,fill=group)) + geom_boxplot()
# 离群点的大小
cvbox=ggplot(exprSet_L,aes(x=sample,y=value,fill=group))+geom_boxplot(outlier.size=0)
#outlier.size=-1 ，点将彻底消失
# 修改x轴字符方向
cvbox+theme(axis.text.x=element_text(angle=90,vjust=0.5,hjust=1))
# 修改图例位置和主题
cvbox+theme_bw()+theme(axis.text.x=element_text(angle=90,vjust=0.5,hjust=1),legend.position="top")
# geom_jitter()：为图形设置抖动，防止相同点重叠
cvbox+theme_bw()+theme(axis.text.x=element_text(angle=90,vjust=0.5,hjust=1),legend.position="top") + geom_jitter()