awk命令将fastq文件转换成fasta

awk '{if(NR%4==1||NR%4==2){print $0}}'  test.fq | sed 's/^@/>/g' > myfile.fasta

 有时候，比如说我们需要做一个clustalw，我们需要将多行的fasta文件(multiple line fasta)格式文件，转换成单行的fasta文件(single line fasta)序列文件，怎么办呢。 巧用awk + printf一行搞定。
awk '/^>/ { print n $0;}  !/^>/ {printf "%s", $0, n="\n"}  END {print ""}'  test.fa