Cellranger使用教程

建库，人和小鼠的数据库可以直接下载，对于无法直接下载的需要自行下载全基因组序列和gtf文件，根据 cellranger mkref构建参考数据库

wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-97/fasta/danio_rerio/dna/Danio_rerio.GRCz11.dna.primary_assembly.fa.gz
gunzip Danio_rerio.GRCz11.dna.primary_assembly.fa.gz
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-97/gtf/danio_rerio/Danio_rerio.GRCz11.97.gtf.gz
gunzip Danio_rerio.GRCz11.97.gtf.gz
cellranger mkgtf Danio_rerio.GRCz11.97.gtf Danio_rerio.GRCz11.97.filtered.gtf                  
                 --attribute=gene_biotype:protein_coding \
                 --attribute=gene_biotype:lincRNA \
                 --attribute=gene_biotype:antisense \
                 --attribute=gene_biotype:IG_LV_gene \
                 --attribute=gene_biotype:IG_V_gene \
                 --attribute=gene_biotype:IG_V_pseudogene \
                 --attribute=gene_biotype:IG_D_gene \
                 --attribute=gene_biotype:IG_J_gene \
                 --attribute=gene_biotype:IG_J_pseudogene \
                 --attribute=gene_biotype:IG_C_gene \
                 --attribute=gene_biotype:IG_C_pseudogene \
                 --attribute=gene_biotype:TR_V_gene \
                 --attribute=gene_biotype:TR_V_pseudogene \
                 --attribute=gene_biotype:TR_D_gene \
                 --attribute=gene_biotype:TR_J_gene \
                 --attribute=gene_biotype:TR_J_pseudogene \
                 --attribute=gene_biotype:TR_C_gene
cellranger mkref --nthreads=80 --genome=ref_zebr_GRCz11 --fasta=Danio_rerio.GRCz11.dna.primary_assembly.fa --genes=Danio_rerio.GRCz11.97.filtered.gtf --ref-version=3.1.0    #注意gene_id和transcript_id的顺序

计算表达量，下机的原始数据可以通过bcl2fastq拆分，也可通过cellranger自带的mkfastq命令拆分。bcl2fastq拆分后得到两个fastq文件，index信息包含在第一个fastq文件第一行尾部；mkfastq拆分后得到三个fastq文件，index信息包含在一个单独的fastq文件里。两种拆分结果都可作为count命令的输入，但文件的命名一定要严格安装软件的说明，否则会出错。

cellranger count --id=PBLzebr1 --transcriptome=/home/wuchangsong/sc_cell/ref_zebr_GRCz11 --fastqs=/home/wuchangsong/sc_cell/fastq/ --sample=PBLzebr1

得到的表达矩阵在filtered_feature_bc_matrix文件夹中，在analysis文件夹中有PCA和tSNE聚类结果文本形式。cellranger count 计算的结果只能作为错略观测的结果，如果需要进一步分析聚类细胞，还需要进行下游分析，这里使用官方推荐 R 包（Seurat），后边的分析参考Seurat的使用。

参考：https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/release-notes/build#GRCh38mm10_3.1.0