下载地址：https://github.com/hyattpd/prodigal/releases/
下载源码包：Prodigal-2.6.3.tar.gz
tar -zxvf Prodigal-2.6.3.tar.gz cd Prodigal-2.6.3 make install #添加环境变量 prodigal -a UBA705.pep -d UBA705.cds -f gff -g 11 -o UBA705.gff -p single -s UBA705.stat -i UBA705.fasta > prodigal.log
-a 是输出氨基酸文件
-c 不允许基因一边断开，也就是要求完整的orf，有起始和终止结构
-d 输出预测基因的序列文件
-f 选择输出文件格式，有gbk,gff,和sco格式可供选择
-g 指定密码子，原核为第11套
-i 输入文件，即需要预测的基因组序列文件
-m 屏蔽基因组中的N碱基
-o 输出文件，默认为屏幕输出
-p 选择方式，是单菌还是meta样品
-q 不输出错误信息到屏幕
-t 指定训练集
-s 输出所有潜在基因以及分值到一个文件中
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