HiC-pro安装与使用

软件安装

#conda 安装软件需要的环境

. ~/miniconda3/bin/activate

conda create -y -n hic-pro python=2.7 pysam bx-python numpy scipy samtools bowtie2

conda activate hic-pro

#安装HiC-pro

cd /opt/biosoft/

wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/v2.11.1.tar.gz

tar -zxvf v2.11.1.tar.gz

cd HiC-Pro-2.11.1

make

make install

rm v2.11.1.tar.gz

#软件使用（生成软件输入需要的三个文件）

/opt/biosoft/HiC-Pro-2.11.1/bin/utils/digest_genome.py -r mboi -o mboi_genome.bed genome.fasta

samtools faidx genome.fasta

awk '{print $1"\t"$2}' genome.fasta.fai > genome.size

bowtie2-build --threads 140 genome.fasta grass_genome

#配置文件修改参考其他教程，输入文件填写绝对路径！
#运行HiC-pro

nohup HiC-Pro --input /home/wuchangsong/gc_genome/10.HIC/raw_data/ --output hic_results --conf /home/wuchangsong/gc_genome/10.HIC/config-hicpro.txt &