什么是shell？
shell是你（用户）和Linux（或者更准确的说，是你和Linux内核）之间的接口程序。你在提示符下输入的每个命令都由shell先解释然后传给Linux内核。
shell 是一个命令语言解释器（command-language interpreter）。拥有自己内建的 shell 命令集。此外，shell也能被系统中其他有效的Linux 实用程序和应用程序（utilities and application programs）所调用。
不论何时你键入一个命令，它都被Linux shell所解释。一些命令，比如打印当前工作目录命令（pwd），是包含在Linux bash内部的（就象DOS的内部命令）。其他命令，比如拷贝命令（cp）和移动命令（rm），是存在于文件系统中某个目录下的单独的程序。而对用户来说，你不知道（或者可能不关心）一个命令是建立在shell内部还是一个单独的程序。
shell 首先检查命令是否是内部命令，不是的话再检查是否是一个应用程序，这里的应用程序可以是Linux本身的实用程序，比如ls 和 rm，也可以是购买的商业程序，比如 xv，或者是公用软件（public domain software），就象 ghostview。然后shell试着在搜索路径($PATH)里寻找这些应用程序。搜索路径是一个能找到可执行程序的目录列表。如果你键入的命令不是一个内部命令并且在路径里没有找到这个可执行文件，将会显示一条错误信息。而如果命令被成功的找到的话，shell的内部命令或应用程序将被分解为系统调用并传给Linux内核。
shell的另一个重要特性是它自身就是一个解释型的程序设计语言，shell 程序设计语言支持在高级语言里所能见到的绝大多数程序控制结构，比如循环，函数，变量和数组。shell 编程语言很易学，并且一旦掌握后它将成为你的得力工具。任何在提示符下能键入的命令也能放到一个可执行的shell程序里，这意味着用shell语言能简单地重复执行某一任务。
为什么学习shell？
没有任何一种程序设计语言是完美的，甚至没有一个最好的语言。只有在特定环境下适合的语言。
—— Herbert Mayer
Shell脚本语言是实现Linux/UNIX系统管理及自动化运维所必备的重要工具，Linux/UNIX系统的底层及基础应用软件的核心大部分涉及Shell脚本的内容。每一个合格的Linux系统管理员或运维工程师，都需要熟练的编写Shell脚本语言，并能够阅读系统及各类软件附带的Shell脚本内容。只有这样才能提升运维人员的工作效率，适应日益复杂的工作环境，减少不必要的重复工作，从而为个人的职场发展奠定较好的基础
作为业余生信工作者，我主学的Python，并可满足日常的工作需求，那么为什么还要学shell？抛开大的方面，毕竟我不是专业搞计算机的，学习shell的目的也很简单：shell的单行命令和批量处理（我想这也是大部分生信人学习shell的原因），还有就是学习shell我们能更好的了解Linux系统，毕竟生信相关的软件很多都是在Linux环境下运行的。说到底，学习shell目的只有一个，那就是提高工作效率，别人埋头苦干一两天才能完成的工作，你一两个小时就能完成，为什么不学呢？
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