SRST2:使用短序列鉴定MLST分型

安装：

#通过conda安装
conda create -n srst2 srst2
conda activate srst2
#通过pip安装
pip install srst2

下载MLST数据库

getmlst.py --species "Streptococcus agalactiae"

使用

srst2 --input_pe S1_1.fastq.gz S1_2.fastq.gz --output S1 --log --mlst_db Streptococcus_agalactiae.fasta --mlst_definitions profiles_csv --mlst_delimiter _
##双末端测序文件命名_1和_2

MLST扫描结果字段：

Sample：扫描数据的样品名称，比如S1，或者SRR1002045等
ST：扫描比对数据库后获得ST型别
7个具体管家基因：扫描每个基因allele分配的型别
mismatches：7个管家基因中是否有不匹配的碱基
uncertainty：由于序列深度或者覆盖度不够造成的不确定情况
depth：基因比对的覆盖度
maxMAF：扫描的7个管家基因中最高的minor等位基因频率