SRST2:使用短序列鉴定MLST分型

安装:

#通过conda安装
conda create -n srst2 srst2
conda activate srst2
#通过pip安装
pip install srst2

下载MLST数据库

getmlst.py --species "Streptococcus agalactiae"

使用

srst2 --input_pe S1_1.fastq.gz S1_2.fastq.gz --output S1 --log --mlst_db Streptococcus_agalactiae.fasta --mlst_definitions profiles_csv --mlst_delimiter _
##双末端测序文件命名_1和_2

MLST扫描结果字段:

Sample:扫描数据的样品名称,比如S1,或者SRR1002045等
ST:扫描比对数据库后获得ST型别
7个具体管家基因:扫描每个基因allele分配的型别
mismatches:7个管家基因中是否有不匹配的碱基
uncertainty:由于序列深度或者覆盖度不够造成的不确定情况
depth:基因比对的覆盖度
maxMAF:扫描的7个管家基因中最高的minor等位基因频率

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