CheckM安装及使用

CheckM可以用于评估已组装的基因组或者宏基因组序列的质量,包括基因组完整度、污染度、序列分布等信息。

##通过conda安装
conda create -n checkm
conda activate checkm
conda install -c bioconda checkm-genome
##OR
pip3 install numpy
pip3 install matplotlib
pip3 install pysam
pip3 install checkm-genome
conda install hmmer prodigal pplacer
##下载数据库并设置数据路径
wget -c https://data.ace.uq.edu.au/public/CheckM_databases/checkm_data_2015_01_16.tar.gz
tar -zxvf checkm_data_2015_01_16.tar.gz
checkm data setRoot /path/to/checkm_data
checkm lineage_wf -t 150 -x fasta -f sag_2554.txt --tab_table ../fasta_file output

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