twilight处理pangenome结果

github下载脚本(https://github.com/ghoresh11/twilight)
需要的R包data.table,ggplot2,optparse

Rscript classify_genes.R -p gene_presence_absence.Rtab -g groups.tab

必须参数:
-p, –presence_absence:Roary 或 Panaroo输出的gene_presence_absence.Rtab文件
-g, –grouping:一个制表符分隔的分组文件
可选参数:
-o, –out:输出目录名称(默认=“out”)。
-m, –min_size:忽略少于min_size基因组的组(默认 = 10)。
-c, –core_threshold:用于定义每个组内的核心基因的阈值(默认值 = 0.95)。
-r, –rare_threshold:用于定义每组内稀有基因的阈值(默认值 = 0.15)。
-h, –help:打印帮助信息并退出。
输出:
1、classification.tab 基因簇在每个分类中存在的形式(核心、辅助、和稀有)
2、frequencies.csv 基因簇在每个分离中的频率
3、plots 文件夹,包含柱状图和PCA图

发表评论

邮箱地址不会被公开。 必填项已用*标注