twilight处理pangenome结果

github下载脚本（https://github.com/ghoresh11/twilight）
需要的R包data.table，ggplot2，optparse

Rscript classify_genes.R -p gene_presence_absence.Rtab -g groups.tab

必须参数：
-p, –presence_absence：Roary 或 Panaroo输出的gene_presence_absence.Rtab文件
-g, –grouping：一个制表符分隔的分组文件
可选参数：
-o, –out：输出目录名称（默认=“out”）。
-m, –min_size：忽略少于min_size基因组的组（默认 = 10）。
-c, –core_threshold：用于定义每个组内的核心基因的阈值（默认值 = 0.95）。
-r, –rare_threshold：用于定义每组内稀有基因的阈值（默认值 = 0.15）。
-h, –help：打印帮助信息并退出。
输出：
1、classification.tab 基因簇在每个分类中存在的形式（核心、辅助、和稀有）
2、frequencies.csv 基因簇在每个分离中的频率
3、plots 文件夹，包含柱状图和PCA图